Die Jupiteratmosphäre besteht hauptsächlich aus Wasserstoff und Helium. Ganz ähnlich ist auch die Sonne zusammengesetzt, mit dem Unterschied, dass dort durch Kernfusion Wasserstoff in Helium umgewandelt wird. Auf Jupiter ändert sich der prozentuale Anteil der Gase nicht. Er ist zwar der größte Planet des Sonnensystems, seine Masse (und damit Druck und Temperatur im Inneren) reicht aber nicht aus, um die Kernfusion zu starten.
Die Farben in der Jupiteratmosphäre, die wir in den Wolkenbändern und in den Sturmgebieten wie dem Großen Roten Fleck sehen, kommen durch weitere Stoffe wie Ammoniak und Schwefelwasserstoff zustande.